セーブデータ

• 旧版のセーブデータと調整版のセーブデータには互換性がない。
• 旧版のセーブデータを調整版用に変換することで、調整版でも引き続き使用することができる。ただしこの変換の際には、一部データが破棄されたり修正されたりする。
    > 引き継がれる内容
  • キャラクター（レベル、テクニック、マテリアル強化分を含む）
  • ゲームの進行度（クエスト、チャレンジ、バトルを含む）
  • ギルドカードファイル
  • システムファイル
  • ネットワーク情報ファイル
    > 破棄、または修正される内容
  • 各キャラクターの全アイテムデータ（チェックルームを含めた、全アイテム及びメセタ、マグ）の削除。対象となるキャラクターにはメインキャラクターの他に、オフラインマルチモード用の一時キャラクターも含まれる。
  • 各キャラクターは初期装備状態となる
• セーブデータを調整版用に変換したあとは、旧版用に復元することや再変換する事はできない。（ソニックチームがセーブデータの復元、または再変換の依頼を受けることもない。）

オフラインでのシングルプレイ

• 旧版のセーブデータと調整版のセーブデータに互換性が無いため、版が違うと「キャラクターファイルが破損しています。」というエラーメッセージが表示され、読み込むことができない。
  ただし本当にキャラクターファイルが破損しているわけではないので、セーブデータに合った版のディスクでなら正常に読み込むことができる。

オフラインでのマルチプレイ

• 旧版のセーブデータと調整版のセーブデータに互換性が無いため、持ち寄ったセーブデータの版が違うとマルチプレイをすることはできない。どのようなエラーメッセージが出るかは不明。

オンラインプレイ

• 調整版専用のサーバーに接続される。調整版専用のサーバーは旧版用のサーバーと接続されていないため、調整版のプレイヤーは、旧版のプレイヤーと同じシップでプレイしたり、シンプルメールなどで旧版のプレイヤーとやり取りする事は、一切できない。
• 調整版では海外サーバーへの接続ができるため、海外版のプレイヤーと一緒にプレイすることが可能。
  （なお、旧版は海外サーバーへ接続できないので、海外版のプレイヤーと一緒にプレイする事はできない。）

シリアルナンバー、アクセスキー、ハンターズライセンス

• シリアルナンバーとアクセスキーは、旧版のものを調整版でも引き続き使用する。
• 旧版を利用中に購入したハンターズライセンスは、調整版に移行した後も継続して使用できる。

その他の変更

• アイテムが増殖してしまうバグを修正した。
• PPPoEの一部の環境で回線が切れる症状について調整を行った。
• プログレッシブ以外のモードにおいてスナップショットで撮影した画像のクオリティーを向上。
• USAサーバとの接続や新旧ディスクの識別などを考慮し、テキストやデザインなどの一部を変更。
• 調整版ディスクのレーベルは緑色。（旧版は青色）

• タイトル画面で左下に「Ver.1.1」の表示がある。
• オンラインクエストの「カボチャプレゼント」がプレイできます。このクエストについては以下の通りです。
  • 「カボチャ」をもらうことができる。
  • オフラインクエストを特定の方法で進めた場合に取ることができる「秋子おばさんのフライパン」「ソウルイーター」を旧版で取っていた場合、この二つのアイテムを取った難易度でクエストをプレイすればもらうことができる。
  • 『匠の魂』で取れる三種のレアアイテムは、旧版で取っていてももらえない。（調整版で新たに取り直すこともできません）
• 本物の「アギト」を研いで「オロチアギト」にしてもらうイベントを旧版で起こしている場合は、これを調整版で起こすことはできない。（なお、旧版で起こしていない難易度でなら、調整版でイベントを起こすことができます）
• 冒険中に拾ったマグは、旧版ではすべて灰色だったが、調整版ではコスチュームに応じた色がつく。
• フォイエが見えていないトラップに向かって飛んでいく現象が修正された。（ただし、トラップがあるはずの場所でフォイエが消滅する現象は、そのまま残っています）
• フォトンブラスト発動時に足元に描かれる魔法陣のようなものが回転するようになった。（DC版と同じになった）
• ダークベルラ、およびインディベルラのロケットパンチは、正面に立っていれば当たらなくなった。（DC版と同じになった）
• ADSLにおいて、ゲームサーバーとの接続状態が不安定になる場合がある。（ADSL利用者全員が不安定になるという意味ではありません。あくまでも、一部からそういう報告が出されているという意味です。）